El programa de subvenciones para hábitats proporciona fondos para preservar hábitats esenciales, proteger, restaurar y estabilizar hábitats importantes para peces y aumentar la disponibilidad de hábitats. El GLFT lleva adelante estos esfuerzos a través de inversiones en lugares específicos con hábitats degradados o vulnerables, mejoras de conectividad y el uso de herramientas de apoyo a la toma de decisiones que sugieren estrategias óptimas para invertir en hábitats. Está previsto que la convocatoria de propuestas se publique anualmente en invierno.
El GLFT prioriza sus inversiones en proyectos de capital como pasos para peces, eliminación de represas y adquisición de tierras en proyectos donde la oportunidad de hábitat es primordial, otros financiadores están contribuyendo, la gestión a largo plazo está asegurada y el proyecto propuesto tiene el mayor apoyo e interés de la comunidad.