La génomique de la conservation pourrait améliorer l’avenir de l’esturgeon jaune

Des chercheurs financés par le GLFT font progresser l'utilisation des données SNP

Esturgeon jaune (Acipenser fulvescens) est une espèce importante sur le plan écologique et culturel dans les Grands Lacs. Pourtant, les populations ont été estimées à 1 % des niveaux historiques en raison de multiples raisons d'origine humaine telles que la surpêche, la perte ou la dégradation de l'habitat et les obstacles à un habitat approprié causés par les barrages. Par conséquent, l'esturgeon jaune est classé comme espèce en voie de disparition ou menacée dans 19 États américains et comme espèce menacée au Canada. La génomique de la conservation s'avère être un outil précieux pour les chercheurs et les gestionnaires des pêches désireux de gérer et de réglementer correctement la pêche à l'esturgeon jaune dans les Grands Lacs. Cette édition de Notes de recherche met en évidence les contributions à la recherche sur l’esturgeon de lac soutenues par le Great Lakes Fishery Trust.

De 2015 à 2019, une équipe de recherche dirigée par Amy Welsh, Ph. D., de l'Université de Virginie-Occidentale, a étudié la diversité génétique adaptative de 16 populations reproductrices d'esturgeons jaunes. La Ph. D., accompagnée d'Éric Normandeau et de Louis Bernatchez, tous deux de l'Université Laval, a analysé les variations génétiques de ces populations à l'aide de polymorphismes d'un seul nucléotide (SNP) qui comprenaient des variations neutres et adaptatives. L'équipe a ensuite regroupé les populations en fonction de leurs similitudes dans les traits adaptatifs afin d'identifier des unités de gestion potentielles destinées à aider à conserver le potentiel adaptatif de l'esturgeon jaune.

Principales conclusions

• L’équipe de recherche a découvert que les données SNP offraient une résolution bien supérieure et une puissance de test d’attribution accrue par rapport aux microsatellites utilisés dans certaines recherches génétiques.
• L’équipe a proposé sept unités de gestion raffinées dans les Grands Lacs qui utilisent les données SNP et la géographie du lieu de frai pour éclairer la sélection de la population en vue de l’empoissonnement par les gestionnaires des pêches.

Résultats significatifs pour la recherche sur l'esturgeon jaune

Les recherches financées par le GLFT font progresser les connaissances scientifiques sur l'écologie de l'esturgeon jaune et le rôle de la génomique dans la conservation. Les analyses précédentes de la structure de la population d'esturgeon jaune étaient basées sur des données génétiques neutres, qui suivent les rôles de la migration et de la dérive génétique pour déterminer la structure de la population. L'équipe du Dr Welsh a amélioré la compréhension de la façon dont la variation adaptative est distribuée. De plus, les unités de gestion raffinées proposées par l'équipe, si elles sont mises en œuvre, pourraient entraîner la conservation du potentiel adaptatif des populations d'esturgeon jaune, un objectif primordial de la génétique de la conservation.

Spin-off de recherche

Une collaboration entre l'équipe de recherche et un autre chercheur soutenu par le GLFT, le Dr Wesley Larson, auparavant de l'Université du Wisconsin-Stevens Point et maintenant de la National Oceanic and Atmospheric Administration, a développé un panel composé de 258 SNP pour les futurs tests d'attribution et l'analyse de parenté en utilisant les données générées par ce projet. La Great Lakes Fish and Wildlife Restoration Act a financé le projet dérivé.