Le programme de subventions Habitat fournit des fonds pour préserver les habitats essentiels, protéger, restaurer et stabiliser les habitats importants des poissons et accroître la disponibilité des habitats. Le GLFT poursuit ces efforts par des investissements dans des endroits spécifiques où l'habitat est dégradé ou vulnérable, des améliorations de connectivité et l'utilisation d'outils d'aide à la décision qui suggèrent des stratégies optimales pour investir dans l'habitat. L'appel d'offres devrait être publié chaque année en hiver.
Le GLFT accorde la priorité à ses investissements dans des projets d'investissement tels que le passage des poissons, l'enlèvement de barrages et l'acquisition de terres pour des projets où l'opportunité d'habitat est primordiale, où d'autres bailleurs de fonds contribuent, où la gestion à long terme est assurée et où le projet proposé bénéficie du soutien et de l'intérêt les plus forts de la communauté.